Lietuvos hidrobiologų draugija buvo įkurta 1967 m. kovo 14 d. kaip SSRS hidrobiologų draugijos Lietuvos skyrius. Skyrius veikė prie MA Zoologijos ir parazitologijos instituto (dabartinis Gamtos tyrimų centras).
1989 m. sausio 13 d. VHBD Lietuvos skyrius buvo reorganizuotas į Lietuvos hidrobiologų draugiją prie Lietuvos mokslų akademijos, o nuo 1994 m. tapo savarankiška visuomenine organizacija.
Lietuvos hidrobiologams nuo pat skyriaus įkūrimo iki 1995 m. vadovavo habil. dr. Antanas Grigelis. 1995 m., jam mirus, draugijos prezidente išrinkta dr. Eugenija Nijolė Milerienė. Nuo 2017 m. vadovauja dr. Gintautas vaitonis.
Įkūrus draugiją 1967 m. joje buvo 11 narių. Vėliau draugijos narių skaičius didėjo, draugijos nariai yra įvairaus išsilavinimo, tačiau jos branduolį sudaro mokslų daktarai, draugija vienija įvairaus amžiaus žmones – nuo besimokančių studentų iki garbaus amžiaus narių, jau pabaigusių aktyvią darbinę veiklą – visi jie gali per draugiją realizuoti savo idėjas ir įgūdžius.
Draugijos nariai – aukščiausios kvalifikacijos specialistai hidrobiologai, ichtiologai iš įvairių mokslo bei mokymo įstaigų, kitų organizacijų.
Lietuvos hidrobiologų draugija buria geriausius srities specialistus, kurie, nebūdami priklausomi nuo politinių srovių ar vyriausybės keitimosi, gali atlikti ekspertizes tiek vyriausybinėms tarnyboms, tiek privačioms struktūroms ar asmenims.
Lietuvos hidrobiologų draugija yra savanoriška visuomeninė mokslinė organizacija, vienijanti Lietuvos hidrobiologus, ichiologus ir gretimų specialybių mokslo ir praktikos darbuotojus mokslinėms ir praktinėms problemoms spręsti.
Draugijos tikslai:
• Padėti draugijos nariams kelti mokslinę kvalifikaciją, diegti jų darbo rezultatus praktinėse hidrobiologijos, ichtiologijos ir gretimų mokslų srityse.
• Populiarinti ir propaguoti naujausius hidrobiologijos, ichtiologijos ir gretimų mokslo sričių laimėjimus, naujausius metodus ir ekspertizes.
• Vykdyti užsakomąsias tyrimo programas, atlikti atskirų vandens telkinių ekspertizes, konsultuoti žuvininkystės plėtros klausimais.
• Skelbti mokslo ir taikomuosius mokslo darbus, metodines priemones ir rekomendacijas, organizuoti konferencijas ir seminarus.
• Dalyvauti tarptautinėje visuomeninių organizacijų veikloje, tarptautiniuose projektuose, atstovauti šaliai tarptautiniuose seminaruose ir konferencijose.